We hebben emergentie beschreven als het optreden van eigenschappen van complexe systemen die niet direct uit de samenstellende elementen volgen. De onderzoeker moet kiezen of hij toch gaat proberen het geheel uit de delen te verklaren, dan wel het gewoon te accepteren en de nieuwe eigenschappen voor verder redeneren en construeren te benutten . Dit is vergelijkbaar met de vraag of we de zwaartekracht willen verklaren uit andere eigenschappen van de materie, of deze gewoon gebruiken bij het ontwikkelen van de mechanica van vallende voorwerpen. Accepteren van de nieuwe eigenschappen als een gegeven verbreedt de basis waarop de wetenschap.
Toch blijft het knagen. Ook als de nieuw gevonden eigenschappen worden geaccepteerd is geruststellend als er op zijn minst een vermoeden is waarop ze kunnen zijn gebaseerd. Zo zouden eigenschappen van chemische verbindingen hun oorsprong kunnen vinden in de zwakke en sterke kernkrachten van de atomen waaruit ze zijn opgebouwd. Het gedrag van een zwerm spreeuwen zou samen kunnen hangen met wat een enkele spreeuw vanuit de ooghoeken tijdens de vlucht waarneemt. Een volledige wiskundige beschrijving zou te complex kunnen zijn om met een enkele formule het gedrag van het geheel aan de eigenschappen van de elementen te relateren. Een computer simulatie zou hier echter toch helderheid kunnen verschaffen. We zijn nu op een tussengebied beland van wat als bewijs en begrip kan worden geaccepteerd: niet iedere computer simulatie is immers volledig te begrijpen.
Er is nog een ander aspect dat bij het ontstaan van emergentie in aanmerking moet worden genomen. Het nieuwe, complexe, samengestelde systeem zoals een machine, zal worden gebruikt in andere omstandigheden dan de gebruikte elementen. Het gedrag van een auto op een kasseienweg heeft niet alleen te maken met alle mechanische componenten waarmee hij is gebouwd, maar ook met de eigenschappen van de weg en het gedrag van de bestuurder. Een emergente eigenschap als slipgedrag hangt dus niet alleen af van de constructie van de auto, maar ook van de omstandigheden waarin hij wordt gebruikt.
Eigenschappen, emergent of niet, zijn manifestaties van de essentie van een object. Zij worden alleen zichtbaar in een specifieke context. Volgens Kant kan uit deze waarnemingen die essentie, het wezen van het object, niet zichtbaar worden. Goethe daarentegen meent dat bij een open observatie, waarbij vooroordelen en het denken worden teruggehouden, het wezenlijke voor de waarnemer toegankelijk is. Hij baseerde zich vooral op natuurwaarnemingen als planten. Voor ons is een open vraag of dit ook geldt voor kunstmatige objecten als machines. Wat wordt er bijvoorbeeld zichtbaar wanneer we met een open blik de emergente eigenschappen van een computer waarnemen?